As novas opções para o Phenom 100 incluem assentos mais largos, do mesmo tamanho que o Phenom 300 e a possibilidade de opção para a instalação de um pequeno refirgerador para armazenamento de comida e bebidas ao invés do guarda roupa padrão. Os clientes podem também escolher aumentar a capacidade de transporte para sete passageiros (mais o piloto) com a adição de um assento extra, com a adoção de um lavatório embutido, configuração que a Embraer espera que seja popular em clientes na América Latina.
No Phenom 300, as novas opções incluem um divã de dois lugares e um sistema de informação meteorológica por satélite disponível na Europa.